L'ONCFS est un établissement public sous double tutelle des Ministères chargés de l'environnement et de l'agriculture. Ses missions sont définies par les lois "chasse" et "développement des territoires ruraux".
La convention nationale "Agrifaune" reprend trois des missions de l'ONCFS:
Le soutien financier de l'ONCFS, au travers de la convention Agrifaune, permet à ces partenaires de mettre en place sur le terrain des actions diverses ("bouchons champenois", mélanges d'intercultures...).
En relation avec les partenaires du programme Agrifaune et les membres du réseau sur l'ensemble du territoire français, l'ONCFS peut accompagner les pouvoirs publics dans l'élaboration des politiques d'aménagement et de gestion de l'espace rural.